序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是（）和（）。

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环境特征的相似性投资渠道的相似性工程一般特征的相似性污染物排放特征的相似性

结构序列模块集合

环境特征的相似性产品结构的相似性工艺路线的相似性污染物排放特征的相似性原料的相似性

在序列组成上与原核生物螺旋-转角-螺旋蛋白具有相似性通过环区与DNA结合形成两个α-螺旋与DNA的大沟结合形成两性螺旋，其中疏水残基位于螺旋的一侧以上都不是

比较Y.染色体上DNA序列的相似性比较X.染色体上DNA序列的相似性比较线粒体DNA序列的相似性比较常染色体上DNA序列的相似性

比较Y.染色体上DNA序列的相似性比较X.染色体上DNA序列的相似性比较线粒体DNA序列的相似性比较常染色体上DNA序列的相似性

污染物排放特征的相似性环境特征的相似性产品结构的相似性工艺路线的相似性清洁生产的相似性

互补性相似性通用性标准化多样性

工程一般特征的相似性环境特征的相似性生产管理及政策的相似性污染物排放特征的相似性

工程一般特征的相似性污染物排放特征的相似性环境特征的相似性环境治理措施的相似性

比较Y染色体上DNA序列的相似性

比较X染色体上DNA序列的相似性

比较线粒体DNA序列的相似性

比较常染色体上DNA序列的相似性

污染物排放特征的相似性实测数据的准确性工程一般特征的相似性环境特征的相似性

FASTA BLAST SWISS-PROT PDB PIR

工程一般特征的相似性污染物排放特征的相似性环境特征的相似性实测数据的准确性