微生物学根据研究对象可分为，，和等分支学科；目前正在兴起的前沿分支学科有，和等。

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无菌动物清洁动物封闭群动物普通动物

研究标本处理方法研究病原微生物鉴定程序研究双歧鉴定流程提供抗菌药物敏感性报告为感染性疾病提供微生物学诊断

经验时期、实验微生物学时期和现代微生物学时期经验时期和现代微生物学时期实验微生物学时期和现代微生物学时期经验时期和实验微生物学时期

经验时期、实验微生物学时期和现代微生物学时期经验时期和现代微生物学时期实验微生物学时期和现代微生物学时期经验时期和实验微生物学时期以上都不是

微生物学的先驱微生物学的奠基人细菌学奠基人生物化学奠基人分子生物学奠基人

进行微生物生理学研究独立发展进行微生物遗传学研究与生物学发展主流汇合

寄生虫学 SPF鸡微生物学小型猪微生物学兔微生物学

微生物学经验时期，试验微生物学时期，现代微生物学时期微生物学经典时期，试验微生物学时期，当代微生物学时期微生物学经典时期，微生物学经验时期，当代微生物学时期微生物学经典时期，微生物学经验时期，试验微生物学时期微生物学经验时期，微生物学试验时期，当代微生物学时期

物理指标物理化学指标化学指标微生物学指标